SD INTIS School Yogyakarta, berawal dari International Islamic School Yogyakarta, yang  memang awalnya bertujuan untuk menciptakan generasi islam yang kuat yang bisa bersaing pada era global. Menjadi sekolah yang boleh dikatakan berbeda dengan sekolah SD pada umumnya seperti SD Negeri, SD Muhammadiyah, SDIT, dan SD lainya menjadi sorotan tersendiri bagi orang tua. Di Indonesia masih jarang ada SD yang berani mengakat dua hal besar yaitu International dan islamic, dua hal yang dirasa menjawab tantangan masa depan. Tindakan Pemerintah yang menghapus sekolah internasional dan Rintisan Sekolah Bertaraf Internasional (RSBI) menjadikan nama International Islamic School Yogyakarta berubah hanya menjadi SD INTIS School Yogyakarta. Alhamdulllah, karena izin nama sekolah sebelumnya menggunakan SD INTIS School Yogyakarta sehingga tidak terjadi masalah sebagaimana yang terjadi pada sekolah-sekolah bertaraaf internasional.

Seiring berjalanya waktu, SD Intis School Yogyakarta Alhamdulillah semakin berkembang dan semakin banyak diminati dengan beberapa keunggulan dan fasilitas yang ada. Dari segi akademik SD INTIS School Yogyakarta di tahun 2015 mampu menembus peringkat 16 dari 170 sekolah yang ada di Kota Yogyakarta. Hal ini  merupakan sebuah pencapaian yang luar biasa dari SD INTIS School Yogyakarta sebagimana yang disampaiakn oleh Ibu Kepala UPT TK/SD Wilayah Yogyakarta Timur, Ibu Dra. Sudaryaryati saat memberi sambutan pada acara Farewell Party 2015 di Gedung XT Square Yogyakarta.